ウイルスに特化したコンテンツフィルタが、ウイルスフィルタです。ウイルスを特徴づけるパターンがメールの中に存在するかをチェックすることで、ウイルスを検出します。ウイルスは次々と生み出されますので、パターンのリストはベンダーの多大な努力によって更新されています。

受信メールだけでなく、送信メールに対してもウイルスフィルタを通し、ウイルスの送信を防止することも一般的です。

（ウイルス以外の）迷惑メールに対するコンテンツフィルタとは違い、ISP/ASPはウイルスフィルタを標準で組み込むことは合法であるとされています。その理由は、ウイルスは誰もが受け取りたくないものであり、自然言語ではない部分を機械的に判断しても検閲にはあたらないと解釈されているからです。